詹姆斯库克大学的热带生物科学专业在全球属于领先地位。受到全球认可的学科有海洋生物、沿海与环境科学、热带雨林、世界旅游业组织鉴定学会（WTO）、海洋考古学、公共卫生学. 其海洋学科是全球顶尖大学之一。它的硕士学位课程有许多独到之处， MBA 课程在澳大利亚具有相当声誉，并且环境保护、酒店管理、项目管理、医院管理等专业的硕士课程也为该校的强项，另外，詹姆斯库克大学还可以针对市场的需求量身订制新的硕士专业课程。
院系课程
詹姆斯库克大学设有7大学院：文学院、生化医学和保健科学学院、商学院、教育学院、理工学院、法学院和科学院。
院系专业：（本科和研究生）会计学，MBA，旅游管理学，应用科学，文学，生物医学，商科，社区福利，建筑管理学，经济学，教育学，土木工程学，化工学，计算机科学，电子学，电机学，环境工程学，机械学，信息技术，新闻学，法学，音乐，管理学，心理学，护理学，植物学，生化学，地理学，化学，工业化学，地质学，数学及统计学，海洋生物学，物理学，微生物学，动物学，生理学，戏剧，社会工作，热带海洋及环境化学，视觉艺术，（双学位）文学和法学，文学和科学，心理学和教育学，科学和法学，生理学和科学，（专科）商业设计美术，摄影学，博物馆研究，女性研究。
优势专业
（1) 热带环境研究和生态研究学科学校有地处热带地区的天然优势，与世界闻名的大堡礁和湿热带雨林相近。得天独厚的地区优势造就了独一无二的热带环境研究和生态研究学科。
（2）有20个研究中心和岛屿、热带雨林和内地维系研究站，每年有2300万澳元的研究经费，研究的主要焦点是：热带生态环境的维系管理，全球变暖问题，热带农业，热带偏远地区的卫生保健和文化差异等方面。
