莫纳什大学下设六座澳大利亚校区，分别位于墨尔本市内及周边地区。学校还在马来西亚和南非设立分校，并在意大利普拉托和印度孟买设有中心。目前学校正着手谈判在中国设立一家合资机构，用于开展科研与研究生课程。
学校六座澳大利亚校区：
Berwick
Berwick属住宅区，在墨尔本东南，发展势头迅猛。该区在墨尔本东南40公里处，周边商店、咖啡厅和商业服务机构林立；也是通往丹顿农山脉和菲利普岛等维州著名自然景观的门户。校区营造出现代化学习环境，更便于学生与教学人员互动交流，此外也与当地社区建立起密切的联系。
Clayton
Clayton校区是莫纳什大学规模最大的校区。该校区依托八个不同学院，开设丰富的课程，并配备一流的学生服务与设施。Clayton郊区位于墨尔本东南部20公里处。该区是一个面积巨大的住宅区，以拥有维州最多的科学技术机构而著称。
除莫纳什大学外，Clayton还拥有很多研究中心，如：
澳大利亚再生医学研究所
澳大利亚干细胞中心
澳大利亚同步加速器
人类生物伦理研究中心
联邦科技工业研究组织（CSIRO）
墨尔本纳米加工中心
莫纳什同步加速科学中心
莫纳什医学中心
莫纳什科学技术研究创新区
莫纳什大学事故研究中心
Caulfield
Caulfield是一个很受欢迎的地区，距墨尔本九公里。这里遍布商店、咖啡厅和服务，也以经常举办赛马的Caulfield赛马场而著称。校区周边公共交通发达完善。校区地理位置便利，邻近Caulfield火车站，城市与Frankston、Dandenong及Pakenham开通很多班次的火车。此外，还可搭乘电车直达St Kilda著名的海滨地区。
Caulfield开设的主要学习领域有商业与经济学、艺术与设计及信息技术。
Parkville
莫纳什大学Parkville校区是药剂与制药学院所在地。校区刚刚投入$5000万澳元开展改造工程，新配备世界一流的研究实验室及创新的虚拟业务环境。这些新的教学设施把学生带入医院、社区和行业等专业业务场合。
同处Parkville校区的是新建的莫纳什制药学研究所，汇聚了澳大利亚人数最多、经验最丰富的制药科学家。澳大利亚研究委员会澳洲卓越研究评估系统，将学校的药理学与制药学研究及纳米技术研究评为5/5，即研究水平远远超过世界标准。
Parkville位于Royal Parade，处在澳大利亚顶级医疗与生物医学园区中心地带，距市中心仅3公里，邻近商店和服务机构众多。附近是繁忙且多元文化色彩浓厚的Sydney Road和Lygon Street，方便职员和学生前往银行、超市、医疗中心和咖啡厅。
Peninsula
Peninsula校区是莫纳什大学第三大校区，位于墨尔本南部40公里处。该校区沿着莫宁顿半岛建设而成，紧邻菲利普港湾，置身于风景如画的冲浪海滩、国家公园、葡萄酒庄和餐厅饭馆之间。
Peninsula校区小而放松。学生可居住在海滩边，也可搭乘便利的公共交通直抵墨尔本市中心。校区开设的主要学习领域为护理与辅助医学、幼儿与初等教育及健康科学研究。
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